Erwin Ortner, in Wien geboren, war Mitglied der Wiener Sängerknaben unter Ferdinand Grossmann und studierte später an der Wiener Musikhochschule (unter anderem bei Hans Swarowsky und Hans Gillesberger). Von 1980 bis 2016 lehrte Erwin Ortner als ordentlicher Professor für Chorleitung und chorische Stimmbildung an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien, in den Jahren 1996 bis 2002 war er Rektor dieser Universität.

Erwin Ortner ist Gründer und künstlerischer Leiter des Arnold Schoenberg Chores. Von 1983 bis zu seiner Auflösung 1995 war er auch künstlerischer Leiter des ORF-Chores.

Als Dirigent führten ihn Projekte gemeinsam mit Maurizio Pollini nach New York, Paris, Tokyo, Rom und Salzburg. Regelmäßige Einladungen von Orchestern, Opernhäusern und Konzertveranstaltern (RSO-Wien, Camerata Salzburg, Deutsche Staatsoper Berlin, Theater an der Wien, Salzburger Festspiele, Mozartwoche Salzburg, Musikverein Wien, Wiener Konzerthaus u. a.) dokumentieren seine zahlreichen Engagements als Gastdirigent und seine vielseitige Konzerttätigkeit im In- und Ausland.